Удаление большого числа аденовирусных генов из векторов часто сопровождается их дестабилизацией. Это один из главных недостатков аденовирусных векторов, так как в ряде случаев остающиеся гены, трансдуцированные в клетки-мишени, способствуют формированию иммунного ответа. Именно выраженный иммунный ответ при повторных введениях аденовирусного вектора с инсерцией гена CFTR оказался наиболее серьезным препятствием для успешной генотерапии муковисцидоза [Crystal R.G. et al., 1994]. Некоторые аденовирусные белки способны оказывать цитотоксический эффект на высокоспециализированные клетки человека. Схема поддержания аденовирусных векторов сходна с той, которая используется для производства ретровирусных векторов. Велика опасность их контаминации хелперным реплицирующимся вирусом. Кроме того, аденовирусы редко интегрируются в геномную ДНК, и потому экспрессия переносимых ими генов, как правило, носит временный характер. Способность инфицировать практически любые клетки как in vivo, так и in vitro, делает особенно актуальной адресную доставку таких конструкций и введение в их состав тканеспеци-фических промоторов; например, промотор гена а-фетопротеина вводят при необходимости экспрессии гена в клетках печени, либо промоторы генов сурфактантных белков В и С - для экспрессии чужеродных генов в клетках легких.
Аденоассоциированиые вирусы (AAV) обладают значительно меньшей пакующей способностью (около 5 тыс. и.о.). Однако, в отличие от ранее рассмотренных вирусов, они не обладают онкогенной активностью, не патогенны, способны интегрироваться в геном, где пребывают в латентном состоянии. Уникальной особенностью AAV является их способность к стабильной неслучайной интеграции в один из районов хромосому 19. Специфичность интеграции вируса определяется наличием в его геноме гена rep. Близкородственные AAV, так называемые парвовирусы (HI, MVM, LuIII), обладают еще меньшей пакующей способностью - около 2 тыс. п.о. и не имеют специфичного встраивания, однако они также рассматриваются как потенциально перспективные векторы.